本所依據教育部87年4月10日台高(一)字第87036219號函核定設立「獸醫病理學研究所碩士班」,並於同年招收第一屆碩士班研究生。
依據教育部96年10月15日台高(一)字第0960157389號函核定97學年度起更名「獸醫病理生物學研究所碩士班」 ,以因應生技產業對病理人才之需求。
依據教育部99年6月11日台高(一)字第0990094015D號函核定100學年度增設「獸醫病理生物學研究所博士班」。
獸醫病理生物學研究所設立之宗旨在加強獸醫病理學之專業教育,並強化學生對疾病相關領域之研究能力,以培育我國對動物疾病診斷、防疫與因應生技產業發展所需之病理人才。